生物膜的形成過程先是一個細菌附著在身體的某個表面，靠這種粘性的膠水的稱為eps基質，粘在表面，然后在6個小時的時間內巧妙地分裂成子細胞，但在分裂之前，它要確保每個子細胞在分裂成兩個之前都粘合在一起。然后子細胞繼續分裂，直到形成一個細菌簇，形成菌落。這時，細菌分泌出一種蛋白質和粘多糖的復合物，像建筑外殼一樣包裹著細胞簇，這就是生物膜，又叫菌膜。生物膜允許營養物質進入，但是不允許抗生素和抗菌劑進入。長到一定程度后，又排出一些細菌到其它的表面繁殖，形成新的菌落，擴大生物膜的范圍，加重感染。生物膜就像是一個巨大的屋頂，屋頂里面是細菌團，屋頂的目的是為生活在里邊的細菌提供保護，提供一個有利發展的公共環境。

　　未經處理的原水，膜裝置進水和濃水中的微生物含量是評估潛在生物污染的重要指標。但其它因素如營養成份的濃度和種類、操作參數也決定了生物膜的發展，研究人員開展生物膜形成的研究表明，人們還沒有充分認識清楚生物膜，早期確認產生生物膜的好辦法是觀察進水中試樣的表面，即所謂“Robbin試樣”，它是將小型試樣置于水樣中的一個簡單的裝置，這些安置在表面的試樣可以按一定時間間隔移走，檢查所附著的細菌情況。實際系統操作過程中，定期仔細地檢查過濾器濾芯以及進水和濃水管內表面，也是有效的做法，當出現粘泥和異味時就表明有微生物污染。